O tym, że fauna Australii rozwijała się samodzielnie zadecydowało kilka czynników. W zamierzchłej przeszłości kontynent australijski stanowił południową część superkontynentu Gondwany, na który składały się też Ameryka Południowa, Afryka, Indie i Antarktyda. Około 140 milionów lat temu Gondwana zaczęła się rozpadać na poszczególne kontynenty jakie znamy dzisiaj. Około 50 mln lat temu Australia odłączyła się od Antarktydy i przez długi czas dryfowała samotnie aż do zderzenia się Indoaustralijskiej płyty tektonicznej z Azją w epoce miocenu (23–5,3 mln lat temu). Przez ten okres fauna Australii był izolowana od fauny z pozostałych części świata i np. australijskie torbacze mogły rozwijać się samodzielnie nie narażone na konkurencję gatunków z innych kontynentów.
W miocenie, prawdopodobnie przez Malaje docierają nieliczne gryzonie. Linia Wallace'a będąca hipotetyczną linią rozdzielającą zoogeograficzne regiony Azji i Oceanii, wyznacza też granicę między eurazjatyckimi a indoaustralijskimi płytami tektonicznymi. Ta granica przeszkodziła w ukształtowaniu się połączeń lądowych i ograniczyła przechodzenie gatunków z jednej strony na drugą (z wyjątkiem ptaków i nietoperzy), co wyjaśnia odmienność zoologiczną tych rejonów. Wraz z ukształtowaniem w środkowym oligocenie (ok. 15 mln lat temu) okołobiegunowego prądu morskiego, australijski klimat stawał się coraz bardziej suchy, co spowodowało wyginięcie wielu ówczesnych gatunków, niepotrafiących przystosować się do zbyt szybko zmieniających się warunków życia.
